Égyptologue français.
Né à paris, il est le dernier né d’une famille de onze enfants. Dessinateur de formation, il découvre l’art égyptien en s’exerçant à la copie des œuvres du Louvre et se forme à l’égyptologie en suivant les cours d’égyptien-copte d’Henri Sottas puis s’inscrit à l’école du Louvre en 1925. Son talent le fait remarquer, et, dès 1926, il intègre la mission de fouilles de Deir el-Médina comme dessinateur. L’année suivant, il travaille à Médamoud.
Cependant, c’est à l’étude des langues qu'il s’intéresse. Il étudie auprès d’Alexandre Moret, Raymond Weill, Gustave Lefebvre et Pierre Lacau, et, à Berlin, auprès de Kurt Seth et Erman Grapow. Jean Jacques Clère a une licence ès-lettres en arabe et un diplôme de berbère. À partir des années 1930, il publie régulièrement dans les principales revues à comités, discutant des points de philologie et de grammaire.
En 1949 il succède à Gustave Lefebvre comme directeur d’étude en égyptien à l'École Pratique des Hautes Études. En 1951 et 1960, il est professeur invité par l’université de Providence, et en 1967, boursier au musée de Brooklyn.
Sa production est abondante ; on lui doit plus de quatre-vingts articles et plusieurs monographies dont les célèbres Textes de la première Période Intermédiaire et de la XIe dynastie co-écrit avec Jacques Vandier, un Répertoire d’onomastique de Deir el-Médineh (1949) avec Jaroslav Černý et Bernard Bruyère et Le papyrus de Nesmin (1897), un livre funéraire ptolémaïque.
